Frisches Basilikum-Pesto kann man auf Vorrat einfrieren. Idealerweise portioniert man es dafür schon passend in kleine Schraubgläser, Eierbehälter, Eiswürfelbehälter oder Backformen für Muffins. Da Pesto nicht erhitzt werden sollte, ist es wichtig, penibel auf Sauberkeit zu achten und nur gut gereinigte Utensilien zu verwenden. Sind die Einzelportionen gefroren, füllt man sie in Gefrierbeutel um. Die Gläser, Behälter oder Beutel werden mit dem Einfrierdatum versehen. Im Gefrierschrank ist Pesto rund drei Monate haltbar. Vor der Verwendung lässt man die benötigten Portionen im Kühlschrank oder bei Zimmertemperatur auftauen.